保税区是一国海关设置的或经海关批准注册、受海关监督和实行封闭管理的区域，具有进出口加工、国际贸易、保税仓储商品展示等功能，实行“境内关外”的运作方式。国内货物从境内进入保税区，视为出口；外国商品从境外进入保税区，不必缴纳进口关税，但如果要进入关境则需交纳关税。请注意，这里的“境内关外”并不是完全意义上的关外，只是在进口关税和通关上按照“境内关外”的运作方式，即不对区内的外国货物征收进口关税，区内货物进出口都实行便利的通关措施等。除此之外，海关和其他行政机构对保税区内的其他经营活动仍有监管权。
出口加工区狭义指某一国家或地区为利用外资，发展出口导向工业，扩大对外贸易，以实现开拓国际市场、发展外向型经济的目标，专为制造、加工、装配出口商品而开辟的特殊区域，其产品的全部或大部供出口。海关对其实施封闭管理。从名称可以看出，出口加工区的功能比较单一，主要是开展出口加工业务，在加工区内的企业生产的最终产品，基本上都是直接出口的。
与保税区相比，二者都实行封闭管理，都是部分意义上“境内关外”，不同点在于二者的定位和功能不同，最大不同之处在于，出口加工区实行入区即退税，而保税区需货物出境后才能办理退税。
保税物流园区是指经国务院批准，在保税区规划面积或者毗邻保税区的特定港区内设立的、专门发展现代国际物流业的海关特殊监管区域。同样，从名称可以得出，其定位是实现“货物的快速集拼和流动”，包括存储进出口货物及其他未办结海关手续货物、对所存货物开展流通性简单加工和增值服务、进出口贸易及转口贸易、国际采购、分销和配送、国际中转、检测、维修、商品展示、和经海关批准的其他国际物流业务，但不得开展商业零售、加工制造、翻新、拆解及其他与园区无关的业务。从功能上分析，保税物流园区其实是为了解决保税区内的货物物流问题，类似于共享单车解决公共交通与居住之处最后一公里的问题，物流园区为保税区的货物顺利实现进出口提供协助服务，但政策上更优惠，物流园区针对出口到国外的货物，实行入区退税，而保税区则要求货物出境退税。
跨境工业区是指经国务院批准设立的海关特殊监管区域，实行保税区政策，与工业区外之间进出货物在税收方面实行出口加工区政策，其目的是为了吸引人流、物流、资金流、技术流、信息流等各种生产要素聚集，加快该区域的发展。珠澳跨境工业区，是我国第一个跨境工业区，包括珠海园区和澳门园区，其中珠海园区实行保税区+出口加工区两套优惠政策，而澳门境内的澳门园区则按照澳门作为单独关税区以及自由港的政策。
保税港区是指经国务院批准，设立在国家对外开放的口岸港区和与之相连的的特定区域内，具有口岸、物流、加工等功能的海关特殊监管区域。其功能包括仓储物流，对外贸易，国际采购，分销配送，国际中转，检测和售后服务维修，商品展示，研发、加工、制造，港口作业等9项功能。保税港区糅合了保税区，出口加工区，以及保税物流园区的功能，是功能合一的集大成者，功能和政策优势更突出，也实行入区退税政策。保税港区按照部分的“境内关外”进行监管。
综合保税区是设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，由海关参照有关规定对综合保税区进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务。实际上就是参照保税港区设立的内陆的“无水港区”。
以上海关特殊监管区域，都具备保税的基础功能，都实施封闭管理，并且都实施“一线放开，二线管住”的监管模式，“一线”是指监管区与国境外的通道，境外货物可以自由进出监管区域，区内货物也可以自由进出国境，不受海关管辖；“二线”是指自贸区与关境的通道，区内的货物进入关境内，关境内的货物进入区内，都要受到海关的监管，需要缴纳相应关税。
既然海关特殊监管区域实施“一线放开，二线管住”，那么作为容纳了多个监管区域的自贸区是否也实施同样的管制制度？上海自贸区的范围涵盖上海市外高桥保税区、外高桥保税物流园区、洋山保税港区和上海浦东机场综合保税区、金桥出口加工区等七个区域，包含了多种海关特殊监管区域。根据《中国（上海）自贸试验区总体方案》的规定，上海自贸区也推进实施“一线放开”和“二线安全高效管住”的监管模式，允许企业凭进口舱单将货物直接入区，再凭进境货物备案清单向主管海关办理申报手续，优化卡口管理，加强电子信息联网，通过进出境清单比对、账册管理、卡口实货核注、风险分析等加强监管。在《中国（广东）自由贸易试验区总体方案》中，同样采用了“一线放开”和“二线安全高效管住”的监管模式。
从以上分析可得，海关特殊监管区，从保税区逐步发展到保税港区和综合保税区，功能不断丰富和完善，直至今日，发展成为包含有多重经济贸易功能的自由贸易试验区，自贸区容纳了多种特殊监管区，从某种程度上说，各种海关特殊监管区域都属于自贸区的范畴，都具有保税的基础功能，都实施部分的“境内关外”，以及“一线放开，二线管住的”监管模式。
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